Podstawowy tryb pracy systemu identyfikacji radiowej jest podzielony na system pełnego dupleksu (Full Duplex) i system półdupleksu (Half Duplex) i system sekwencji (SEQ). Pełny dupleks oznacza, że znacznik częstotliwości radiowej i czytnik mogą przesyłać informacje do siebie w tym samym czasie. Półdupleks oznacza, że znacznik częstotliwości radiowej i czytnik mogą przesyłać informacje w obu kierunkach, ale mogą przesyłać informacje tylko w jednym kierunku w tym samym czasie.
W systemach pełnodupleksowych i półdupleksowych reakcja znacznika częstotliwości radiowej jest wysyłana pod polem elektromagnetycznym lub falą elektromagnetyczną emitowaną przez czytnik. Ponieważ w porównaniu z sygnałem samego czytnika, sygnał znacznika częstotliwości radiowej jest bardzo słaby na antenie odbiorczej, więc należy zastosować odpowiednią metodę transmisji do odróżnienia sygnału znacznika częstotliwości radiowej od sygnału czytnika.